Подходы к анализу событий альтернативного сплайсинга в децидуальных клетках плаценты человека - Гавриленко, Мария Михайловна; Трифонова, Екатерина Александровна кандидат медицинских наук; Бабовская, Анастасия Александровна; Зарубин, Алексей Андреевич; Сваровская, Мария Геннадьевна; Ижойкина, Екатерина Владимировна; Степанов, Вадим Анатольевич (Вестник Томского государственного университета. Биология)
Альтернативный сплайсинг мРНК - ключевой этап посттранскрипционной регуляции экспрессии генов, который обеспечивает экспрессию различных изоформ РНК. Этот механизм играет важную роль в развитии и функционировании плаценты. В качестве объекта исследования выбраны децидуальные клетки, которые имеют ключевую роль как в поддержании физиологической беременности, так и в развитии акушерских осложнений. В исследовании проведено глубокое РНК секвенирование с детальным анализом событий альтернативного сплайсинга в плацентарной ткани при физиологическом течении беременности. Для анализа аннотированных классических событий альтернативного сплайсинга использованы программы MAJIQ, rMATS, SGSeq. В децидуальных клетках идентифицировано с помощью программы MAJIQ 3 501 аннотированное бинарное событие АС для 2 7 31 генов; с помощью программы rMATS - 66 687 событий для 14 784 генов; с помощью программы SGSeq - 15 782 события для 5 616 генов. Идентифицировано 15 887 экспрессирующихся в плаценте и подверженных альтернативному сплайсингу, из которых 1 857 генов являются общими по результатам трех различных программ. Анализ реконструированной генной сети позволил выявить регуляторные связи, обеспечивающие координированную экспрессию большинства центральных генов, которые ассоциированы с иммунной системой, клеточной миграцией, межклеточными контактами и регуляцией экспрессии. Полученные результаты подтверждают важность альтернативного сплайсинга, который существенно увеличивает транскрипционное разнообразие и представляет собой значимый механизм регуляции генов в децидуальных клетках.