Полногеномный поиск генов-кандидатов, ассоциированных с показателем "глубина груди" у овец Северокавказской мясо-шерстной породы
Одним из современных и наиболее эффективных методов поиска полиморфизмов и генов, связанных с хозяйственно значимыми признаками, является полногеномный поиск ассоциаций (GWAS Genome-Wide Association Study). GWAS помогает определить те гены, на которые следует обратить внимание в дальнейших иссле...
| Опубликовано в: : | Вестник Томского государственного университета. Биология № 68. С. 126-142 |
|---|---|
| Главный автор: | |
| Другие авторы: | , |
| Формат: | Статья в журнале |
| Язык: | Russian |
| Предметы: | |
| Online-ссылка: | https://vital.lib.tsu.ru/vital/access/manager/Repository/koha:001151343 Перейти в каталог НБ ТГУ |
| LEADER | 05224nab a2200385 c 4500 | ||
|---|---|---|---|
| 001 | koha001151343 | ||
| 005 | 20250206161642.0 | ||
| 007 | cr | | ||
| 008 | 250204|2024 ru s c rus d | ||
| 024 | 7 | |a 10.17223/19988591/68/7 |2 doi | |
| 035 | |a koha001151343 | ||
| 040 | |a RU-ToGU |b rus |c RU-ToGU | ||
| 100 | 1 | |a Зуев, Роман Владимирович |9 985036 | |
| 245 | 1 | 0 | |a Полногеномный поиск генов-кандидатов, ассоциированных с показателем "глубина груди" у овец Северокавказской мясо-шерстной породы |c Р. В. Зуев, А. Ю. Криворучко, Н. Г. Лиховид |
| 246 | 1 | 1 | |a Genome-wide search of candidate genes associated with "depth of chest" parameter in Severocavcazskaya sheep breed |
| 336 | |a Текст | ||
| 337 | |a электронный | ||
| 504 | |a Библиогр.: 35 назв. | ||
| 520 | 3 | |a Одним из современных и наиболее эффективных методов поиска полиморфизмов и генов, связанных с хозяйственно значимыми признаками, является полногеномный поиск ассоциаций (GWAS Genome-Wide Association Study). GWAS помогает определить те гены, на которые следует обратить внимание в дальнейших исследованиях и, в результате, подтвердить или опровергнуть их влияние на продуктивные качества с использованием других методов. В работе представлены данные, полученные при проведении GWAS для показателя «глубина груди» у овец Северокавказской мясо-шерстной породы. Генотипирование животных проведено с использованием ДНК-биочипов Ovine Infinium HD BeadChip 600K. Контроль качества генотипирования и GWAS проведены с помощью программного обеспечения PLINK V.1.07. Визуализация и построение графиков выполнены с использованием пакета «QQman» на языке программирования «R». В результате проделанной работы выявлено 14 однонуклеотидных полиморфизмов (SNP Single Nucleotide Polymorphism), преодолевших порог достоверности - log10(p) = 5. Один из полиморфизмов локализован в экзоне, четыре - в интронах, ещё один в upsream-области генов, остальные семь - в межгенных областях. В результате проведённых исследований мы можем предложить 9 новых генов-кандидатов, ассоциированных с глубиной груди овец. Среди них 4 lincRNA гена с пока ещё не известными функциями. Остальные 5 генов кодируют белки: SSBP3, SATB1, SLC44A3, ADGRV1 и MS4A14. При этом ген SLC44A3 в ранее проведенных исследованиях указывался как ассоциированный с продуктивными признаками у овец. Предлагаемые гены-кандидаты выполняют важные функции, однако нужны дальнейшие исследования, которые могли бы установить их влияние на мясную продуктивность овец. Обнаруженные нами SNP могут быть использованы как молекулярные маркеры при генотипировании секвенированием. | |
| 653 | |a овцеводство | ||
| 653 | |a Северокавказская мясо-шерстная порода | ||
| 653 | |a полногеномный поиск ассоциаций | ||
| 653 | |a однонуклеотидные замены | ||
| 653 | |a гены-кандидаты | ||
| 653 | |a однонуклеотидный полиморфизм | ||
| 655 | 4 | |a статьи в журналах | |
| 700 | 1 | |a Криворучко, Александр Юрьевич |9 985037 | |
| 700 | 1 | |a Лиховид, Наталья Геннадьевна |9 985038 | |
| 773 | 0 | |t Вестник Томского государственного университета. Биология |d 2024 |g № 68. С. 126-142 |x 1998-8591 |w 0210-37860 | |
| 852 | 4 | |a RU-ToGU | |
| 856 | 4 | |u https://vital.lib.tsu.ru/vital/access/manager/Repository/koha:001151343 | |
| 856 | |y Перейти в каталог НБ ТГУ |u https://koha.lib.tsu.ru/cgi-bin/koha/opac-detail.pl?biblionumber=1151343 | ||
| 908 | |a статья | ||
| 999 | |c 1151343 |d 1151343 | ||
| 039 | |b 100 | ||